Nach offensiv gestalteten fünf Minuten der Bayern übernahmen die Franzosen die Regie und hatten nach acht Minuten während eines Tumults im Münchener Strafraum und sechs Schussversuchen das 1:0 auf den Füßen. Ballack Linksschuss (18.) und ein Juninho-Freistoß (23.) waren die nächsten Hochkaräter einer nun ausgeglichenen, interessanten Partie. Ein starker Antritt von Santa Cruz über die rechte Seite leitete den Führungstreffer der Gäste ein. Ballack hatte den Pass des Paraguayers direkt auf den zentral freistehenden Makaay weitergeleitet, der kaltblütig vollstreckte (25.). Außer einem Diarra-Kracher, kurz vor dem Seitenwechsel, ergaben sich allerdings vorerst keine weiteren Großchancen.

Die Bayern überließen Lyon nach der Pause weitestgehend das Mittelfeld, blieben durch ihre Konter jedoch präsent. Eine schöne Kombination, von Santa Cruz mit einem Pfostenschuss abgeschlossen (64.), hätte dabei bereits die Vorentscheidung bedeuten können. Danach lief das Spiel fast ausschließlich in Richtung Kahn-Tor. Vor allem der eingewechselte Carriére erwies sich nun als treibende Kraft der Gastgeber, deren Anrennen in der 88. Minute belohnt wurde. Maloudas Flanke erreichte Luyindula, der per Flugkopfball traf. Fast hätte der Ex-Bayer Elber nur Sekunden später das Spiel gänzlich umgedreht, doch Kahn reagierte reaktionsschnell. Die Münchener waren im zweiten Durchgang insgesamt zu passiv und waren zuletzt mit dem Punktgewinn zufrieden.