Was sich schon im Giuseppe Meazza-Stadion andeutete, wurde im El Madrigal Gewissheit: Die Kanariengelben vom FC Villarreal waren Inter Mailand mindestens ebenbürtig und sicherten sich nach der 1:2-Hinspielniederlage mit einem knappen 1:0-Erfolg noch das Halbfinale.

Wie im Hinspiel hatten beide Teams von Anfang an vollen Einsatz als Parole ausgegeben; anders als in Mailand ließen sich die Abwehrreihen jedoch nicht überraschen. Auch nicht durch Figo, der aufgrund einer Wadenzerrung beim ersten Vergleich passen musste. Der Portugiese, lange Jahre in Spanien tätig (Barca und Real Madrid), trug dazu bei, dass Inter anfangs optische Vorteile verbuchte, doch Villarreal ergriff mit zunehmender Spieldauer das Heft des Handelns. Inters Sechzehner war jedoch Sperrgebiet, so versuchten es die Spanier mit Schüssen aus der Distanz, denen jedoch der Erfolg versagt blieb. An Tempo und Einsatz mangelte es in den ersten 45 Minuten nicht, wohl aber an brisanten Torraumszenen.

Villarreal brauchte unbedingt ein Tor, und so stürmten die vom Chilenen Manuel Pellegrini gecoachten Gastgeber frisch erholt in Richtung Inter-Kasten. Ein erneuter Fernschuss-Versuch von Marcos Senna rauschte noch knapp am Gehäuse vorbei (48.), dann brachte eine Standardsituation den Durchbruch. Freistoßspezialist Riquelme, der auch wieder eine starke Spielgestalterrolle einnahm, zirkelte das Leder auf den Kopf des in den Interstrafraum vorgerückten Verteidigers Rodolfo Arruabarena und der nickte über Toldo hinweg zur 1:0-Führung ein. Villarreal setzte sofort nach und hatte durch Forlan die Chance zum 2:0, aber diesmal wehrte Toldo erfolgreich ab. Inter setzte nun stärker auf die Offensive, biss sich aber an der aufmerksamen Deckung der Spanier die Zähne aus. Zudem sorgte Villarreal mit gefährlichen Konterattacken immer wieder für Unruhe. In der Nachspielzeit bot sich Inters Stankovic noch eine brauchbare Einschussmöglichkeit, aber Villarreal-Schlussmann Vieira wehrte ab.