| 1 | Ajax Amsterdam | 69,6% (39) 17,9% (10) 7,1% (4) 5,4% (3) | 56 | 22,1 |
| 2 | Midtjylland | 47,1% (24) 39,2% (20) 9,8% (5) 3,9% (2) | 51 | 22,3 |
| 3 | FC Basel | 46,2% (18) 38,5% (15) 15,4% (6) | 39 | 22,6 |
| 4 | Y.B. Bern | 29,6% (8) 63,0% (17) 3,7% (1) 3,7% (1) | 27 | 22,8 |
| 5 | FC Flora | 37,1% (13) 45,7% (16) 8,6% (3) 8,6% (3) | 35 | 22,9 |
| 6 | Cork | 33,3% (12) 52,8% (19) 5,6% (2) | 36 | 22,9 |
| 7 | Spartak Moskau | 47,5% (19) 42,5% (17) 5,0% (2) 5,0% (2) | 40 | 23,0 |
| 8 | Salzburg | 54,5% (18) 33,3% (11) 6,1% (2) 6,1% (2) | 33 | 23,1 |
| 9 | Eindhoven | 45,3% (24) 37,7% (20) 9,4% (5) 5,7% (3) | 53 | 23,1 |
| 10 | C. Glasgow | 42,6% (20) 42,6% (20) 8,5% (4) 6,4% (3) | 47 | 23,6 |
| 11 | HJK Helsinki | 44,7% (17) 36,8% (14) 15,8% (6) 2,6% (1) | 38 | 23,7 |
| 12 | Dynamo Kiev | 36,4% (16) 45,5% (20) 11,4% (5) 2,3% (1) | 44 | 23,8 |
| 13 | Rosenborg BK | 41,7% (15) 36,1% (13) 19,4% (7) 2,8% (1) | 36 | 23,8 |
| 14 | D. Zagreb | 37,8% (14) 45,9% (17) 16,2% (6) | 37 | 23,9 |
| 15 | Trnava | 29,6% (8) 51,9% (14) 14,8% (4) 3,7% (1) | 27 | 23,9 |
| 16 | O. Ljubljana | 33,3% (12) 61,1% (22) 5,6% (2) | 36 | 23,9 |
| 17 | Jurmala | 45,7% (16) 25,7% (9) 22,9% (8) 5,7% (2) | 35 | 24,2 |
| 18 | H. Valletta | 43,8% (14) 25,0% (8) 28,1% (9) 3,1% (1) | 32 | 24,3 |
| 19 | AEK Athen | 34,1% (14) 48,8% (20) 17,1% (7) | 41 | 24,3 |
| 20 | Slavia Prag | 31,6% (12) 52,6% (20) 15,8% (6) | 38 | 24,4 |
| 21 | Malmö FF | 50,0% (20) 22,5% (9) 17,5% (7) 7,5% (3) | 40 | 24,4 |
| 22 | Sturm Graz | 28,9% (11) 52,6% (20) 18,4% (7) | 38 | 24,4 |
| 23 | Benfica | 28,8% (15) 53,8% (28) 13,5% (7) 3,8% (2) | 52 | 24,4 |
| 24 | Sutjeska | 27,3% (9) 51,5% (17) 18,2% (6) 3,0% (1) | 33 | 24,6 |
| 25 | R. S. Belgrad | 25,6% (11) 53,5% (23) 18,6% (8) | 43 | 24,7 |
| 26 | Apoel FC | 31,6% (12) 36,8% (14) 23,7% (9) 7,9% (3) | 38 | 24,8 |
| 27 | Kutaisi | 31,8% (7) 45,5% (10) 9,1% (2) 9,1% (2) | 22 | 25,0 |
| 28 | PAOK Saloniki | 29,8% (14) 38,3% (18) 29,8% (14) 2,1% (1) | 47 | 25,1 |
| 29 | Tetovo | 20,0% (7) 54,3% (19) 25,7% (9) | 35 | 25,1 |
| 30 | Llansantffraid | 32,0% (8) 32,0% (8) 28,0% (7) 4,0% (1) | 25 | 25,2 |
| 31 | L. Warschau | 27,9% (12) 46,5% (20) 16,3% (7) 9,3% (4) | 43 | 25,3 |
| 32 | BATE | 19,4% (6) 48,4% (15) 29,0% (9) 3,2% (1) | 31 | 25,3 |
| 33 | Lüttich | 13,9% (5) 66,7% (24) 16,7% (6) 2,8% (1) | 36 | 25,4 |
| 34 | Fehervar | 19,0% (4) 57,1% (12) 19,0% (4) 4,8% (1) | 21 | 25,6 |
| 35 | FK Sutjeska Fo | 23,1% (3) 46,2% (6) 23,1% (3) 7,7% (1) | 13 | 25,7 |
| 36 | Fenerbahce | 28,9% (13) 35,6% (16) 26,7% (12) 8,9% (4) | 45 | 25,8 |
| 37 | S. Tiraspol | 15,6% (5) 56,2% (18) 21,9% (7) 6,2% (2) | 32 | 25,9 |
| 38 | Valur | 19,4% (6) 54,8% (17) 12,9% (4) 12,9% (4) | 31 | 25,9 |
| 39 | Mostar | 14,8% (4) 51,9% (14) 29,6% (8) 3,7% (1) | 27 | 26,0 |
| 40 | Astana | 20,5% (8) 28,2% (11) 35,9% (14) 5,1% (2) | 39 | 26,1 |
| 41 | Göta | 26,1% (6) 34,8% (8) 21,7% (5) 17,4% (4) | 23 | 26,3 |
| 42 | Ludogorets | 16,7% (6) 41,7% (15) 30,6% (11) 8,3% (3) | 36 | 26,4 |
| 43 | KF Drita | 9,1% (2) 68,2% (15) 18,2% (4) 4,5% (1) | 22 | 26,5 |
| 44 | Crusaders | 20,6% (7) 38,2% (13) 32,4% (11) 8,8% (3) | 34 | 26,5 |
| 45 | Cluj | 23,8% (10) 42,9% (18) 23,8% (10) 9,5% (4) | 42 | 26,7 |
| 46 | Karabakh | 11,5% (3) 53,8% (14) 34,6% (9) | 26 | 26,7 |
| 47 | Dudelange | 20,7% (6) 34,5% (10) 37,9% (11) 6,9% (2) | 29 | 26,9 |
| 48 | Videoton | 19,2% (5) 42,3% (11) 26,9% (7) 11,5% (3) | 26 | 26,9 |
| 49 | Beer Sheva | 10,8% (4) 56,8% (21) 27,0% (10) 5,4% (2) | 37 | 26,9 |
| 50 | KS Kukesi | 12,1% (4) 51,5% (17) 27,3% (9) 9,1% (3) | 33 | 27,0 |
| 51 | Lincoln FC | 11,5% (3) 46,2% (12) 30,8% (8) 11,5% (3) | 26 | 27,1 |
| 52 | Marijampole | 12,9% (4) 45,2% (14) 38,7% (12) 3,2% (1) | 31 | 27,2 |
| 53 | Martuni | 3,3% (1) 50,0% (15) 43,3% (13) 3,3% (1) | 30 | 27,4 |
| 54 | Valletta | 9,1% (1) 54,5% (6) 36,4% (4) | 11 | 27,5 |
| 55 | Sta Coloma | 11,4% (4) 37,1% (13) 25,7% (9) 22,9% (8) | 35 | 28,9 |
| 56 | Santa Coloma | 57,1% (4) 14,3% (1) 28,6% (2) | 7 | 30,1 |
| 57 | SP La Fiorit | 11,4% (4) 34,3% (12) 22,9% (8) 31,4% (11) | 35 | 30,2 |
Champions League-Qualifikation
