| 1 | Ajax Amsterdam | 69,6% (39) 17,9% (10) 7,1% (4) 5,4% (3) | 56 | 22,0 |
| 2 | Midtjylland | 47,1% (24) 39,2% (20) 9,8% (5) 3,9% (2) | 51 | 22,3 |
| 3 | FC Basel | 45,0% (18) 40,0% (16) 15,0% (6) | 40 | 22,7 |
| 4 | Y.B. Bern | 26,9% (7) 65,4% (17) 3,8% (1) 3,8% (1) | 26 | 22,8 |
| 5 | FC Flora | 37,1% (13) 45,7% (16) 8,6% (3) 8,6% (3) | 35 | 22,9 |
| 6 | Cork | 33,3% (12) 52,8% (19) 5,6% (2) | 36 | 22,9 |
| 7 | Spartak Moskau | 46,2% (18) 43,6% (17) 5,1% (2) 5,1% (2) | 39 | 23,1 |
| 8 | Salzburg | 53,1% (17) 34,4% (11) 6,2% (2) 6,2% (2) | 32 | 23,1 |
| 9 | Eindhoven | 43,1% (22) 39,2% (20) 9,8% (5) 5,9% (3) | 51 | 23,2 |
| 10 | HJK Helsinki | 45,9% (17) 35,1% (13) 16,2% (6) 2,7% (1) | 37 | 23,6 |
| 11 | Dynamo Kiev | 37,8% (17) 44,4% (20) 11,1% (5) 2,2% (1) | 45 | 23,6 |
| 12 | D. Zagreb | 40,0% (14) 45,7% (16) 14,3% (5) | 35 | 23,7 |
| 13 | C. Glasgow | 39,5% (17) 44,2% (19) 9,3% (4) 7,0% (3) | 43 | 23,8 |
| 14 | Rosenborg BK | 41,7% (15) 36,1% (13) 19,4% (7) 2,8% (1) | 36 | 23,8 |
| 15 | O. Ljubljana | 35,1% (13) 59,5% (22) 5,4% (2) | 37 | 23,8 |
| 16 | Trnava | 29,6% (8) 51,9% (14) 14,8% (4) 3,7% (1) | 27 | 23,9 |
| 17 | H. Valletta | 45,2% (14) 25,8% (8) 25,8% (8) 3,2% (1) | 31 | 24,1 |
| 18 | AEK Athen | 35,0% (14) 47,5% (19) 17,5% (7) | 40 | 24,3 |
| 19 | Slavia Prag | 31,6% (12) 52,6% (20) 15,8% (6) | 38 | 24,4 |
| 20 | Malmö FF | 50,0% (20) 22,5% (9) 17,5% (7) 7,5% (3) | 40 | 24,4 |
| 21 | Sturm Graz | 31,4% (11) 48,6% (17) 20,0% (7) | 35 | 24,4 |
| 22 | Benfica | 29,4% (15) 52,9% (27) 13,7% (7) 3,9% (2) | 51 | 24,5 |
| 23 | Jurmala | 40,6% (13) 28,1% (9) 25,0% (8) 6,2% (2) | 32 | 24,6 |
| 24 | Sutjeska | 27,3% (9) 51,5% (17) 18,2% (6) 3,0% (1) | 33 | 24,6 |
| 25 | R. S. Belgrad | 25,6% (11) 53,5% (23) 18,6% (8) | 43 | 24,7 |
| 26 | L. Warschau | 31,7% (13) 43,9% (18) 17,1% (7) 7,3% (3) | 41 | 24,7 |
| 27 | Kutaisi | 31,8% (7) 45,5% (10) 9,1% (2) 9,1% (2) | 22 | 25,0 |
| 28 | Apoel FC | 30,6% (11) 36,1% (13) 25,0% (9) 8,3% (3) | 36 | 25,0 |
| 29 | PAOK Saloniki | 29,8% (14) 38,3% (18) 29,8% (14) 2,1% (1) | 47 | 25,1 |
| 30 | Tetovo | 20,6% (7) 52,9% (18) 26,5% (9) | 34 | 25,1 |
| 31 | Llansantffraid | 32,0% (8) 32,0% (8) 28,0% (7) 4,0% (1) | 25 | 25,2 |
| 32 | BATE | 19,4% (6) 48,4% (15) 29,0% (9) 3,2% (1) | 31 | 25,3 |
| 33 | Lüttich | 15,2% (5) 63,6% (21) 18,2% (6) 3,0% (1) | 33 | 25,5 |
| 34 | Fehervar | 19,0% (4) 57,1% (12) 19,0% (4) 4,8% (1) | 21 | 25,6 |
| 35 | FK Sutjeska Fo | 23,1% (3) 46,2% (6) 23,1% (3) 7,7% (1) | 13 | 25,7 |
| 36 | S. Tiraspol | 15,6% (5) 56,2% (18) 21,9% (7) 6,2% (2) | 32 | 25,9 |
| 37 | Valur | 19,4% (6) 54,8% (17) 12,9% (4) 12,9% (4) | 31 | 25,9 |
| 38 | Fenerbahce | 27,9% (12) 34,9% (15) 27,9% (12) 9,3% (4) | 43 | 26,0 |
| 39 | Mostar | 14,8% (4) 51,9% (14) 29,6% (8) 3,7% (1) | 27 | 26,0 |
| 40 | Astana | 21,1% (8) 28,9% (11) 34,2% (13) 5,3% (2) | 38 | 26,1 |
| 41 | Göta | 26,1% (6) 34,8% (8) 21,7% (5) 17,4% (4) | 23 | 26,3 |
| 42 | KF Drita | 9,5% (2) 66,7% (14) 19,0% (4) 4,8% (1) | 21 | 26,4 |
| 43 | Karabakh | 14,8% (4) 51,9% (14) 33,3% (9) | 27 | 26,5 |
| 44 | Crusaders | 21,2% (7) 36,4% (12) 33,3% (11) 9,1% (3) | 33 | 26,5 |
| 45 | Ludogorets | 17,6% (6) 38,2% (13) 32,4% (11) 8,8% (3) | 34 | 26,6 |
| 46 | Cluj | 22,5% (9) 42,5% (17) 25,0% (10) 10,0% (4) | 40 | 26,8 |
| 47 | Dudelange | 20,7% (6) 34,5% (10) 37,9% (11) 6,9% (2) | 29 | 26,9 |
| 48 | Videoton | 19,2% (5) 42,3% (11) 26,9% (7) 11,5% (3) | 26 | 26,9 |
| 49 | KS Kukesi | 12,5% (4) 53,1% (17) 25,0% (8) 9,4% (3) | 32 | 26,9 |
| 50 | Beer Sheva | 11,1% (4) 55,6% (20) 27,8% (10) 5,6% (2) | 36 | 27,0 |
| 51 | Marijampole | 12,9% (4) 45,2% (14) 38,7% (12) 3,2% (1) | 31 | 27,2 |
| 52 | Martuni | 3,4% (1) 51,7% (15) 41,4% (12) 3,4% (1) | 29 | 27,4 |
| 53 | Valletta | 9,1% (1) 54,5% (6) 36,4% (4) | 11 | 27,5 |
| 54 | Lincoln FC | 8,7% (2) 43,5% (10) 34,8% (8) 13,0% (3) | 23 | 27,9 |
| 55 | Sta Coloma | 11,1% (4) 36,1% (13) 27,8% (10) 22,2% (8) | 36 | 28,9 |
| 56 | Santa Coloma | 57,1% (4) 14,3% (1) 28,6% (2) | 7 | 30,1 |
| 57 | SP La Fiorit | 11,4% (4) 34,3% (12) 22,9% (8) 31,4% (11) | 35 | 30,2 |
Champions League-Qualifikation
