Der planmäßige Terminkalender konnte nicht eingehalten werden, da der VfB Lübeck und der FC Oberneuland während der Spielzeit aufgrund Insolvenz ausschieden. Holstein Kiel musste am Ende kurz zittern, wurde dann jedoch seiner Favoritenrolle gerecht.
Holstein Kiel galt vor Saisonbeginn als dickster Fisch im Teich, sammelte dann tatsächlich auch die meisten Punkte des 18er-Feldes (67) und krönte die Spielzeit nach erfolgreicher Relegation mit dem Aufstieg in die Dritte Liga. Eines Meisters würdig, erzielten die von Thorsten Gutzeit betreuten „Störche“ die meisten Tore der Liga (74), die Torjägerkrone ging allerdings an den Cloppenburger Rogier Krohne (24 Treffer). Äußerst spannend wurde der Titelkampf in der Schlussphase, als der stark aufspielende TSV Havelse den „Störchen“ eng auf die Pelle rückte. Der durch die zahlreichen, winterbedingten Verlegungen kräftig durcheinander gewürfelte Spielplan führte die beiden Spitzenteams unplanmäßig zu einem späten Showdown zusammen, den Holstein Kiel mit 2:1 für sich entschied. Einen dramaturgischen Knalleffekt durchlebten die Kieler auch noch kurz nach dem Relegationserfolg über Kassel: Thorsten Gutzeit gab seinen Rücktritt bekannt. Der 47-Jährige erklärte, dass sein persönliches Zeitmanagement (macht Trainer-Ausbildung in Hennef) nicht gleichzeitig mit den Anforderungen eines Drittligisten vereinbar wäre: „Es passt einfach nicht.“
Die während des laufenden Spielbetriebs in Kraft gesetzten Insolvenzen des VfB Lübeck (19. Dezember) und FC Oberneuland (17. Mai) veränderten den Tabellenspiegel kurzzeitig. Besonders der späte Ausstieg des FCO sorgte für Unruhe, da er den TSV Havelse, dessen Coach André Breitenreiter nach der Saison zum Zweitligisten SC Paderborn wechselte, vorübergehend an die Tabellenspitze hievte. In anderer Hinsicht brachten diese Ausschlüsse Klarheit: Zwei Absteiger standen damit fest. Einen dritten gab es nicht, da Holstein Kiel die Klasse in Richtung Dritte Liga verließ. Nutznießer des Erfolges der „Störche“ war somit auch der SV Wilhelmshaven. Der Schreck, nur so knapp dem Abstieg entronnen zu sein, aktivierte den Veränderungswillen am Jadebusen. Trainer Christian Neidhart ging - zum Ligakonkurrenten SV Meppen -, sein Nachfolger wurde der erst 33-jährige Farat Toku. Als neuen Sportlichen Leiter präsentierte der SVW den früheren Bundesligaspieler und -Trainer Reinhold Fanz.
Von den acht Teams, die aus der Oberliga aufgestiegen waren, musste nur der insolvente FCO die Klasse wieder verlassen. Die beste Bilanz aller Aufsteiger wies der VfR Neumünster aus, der mit 38 Punkten (Platz 6) den eng beieinander liegenden unteren Teil des Klassements anführt. „Es ist meine Stadt, mein Verein, und ich freue mich, dass ich die eingeleiteten Schritte weiter verfolgen darf“, begrüßte „Veilchen“-Coach Ervin Lamce die zweijährige Vertragsverlängerung nach der erfolgreichen Saison.
Wir holen unsere Leute aus dem Sauerland. Das ist unspektakulär, aber es geht.
— Bernard Dietz über Personalpolitik beim MSV Duisburg.