| Land | Runde | ⊝ Age | Teilnahmen |
| A. Saloniki | Griechenland | 2. Runde | 57,0 | 11 |
| AIK Solna | Schweden | 1. Runde | 21,5 | 9 |
| AS Rom | Italien | Achtelfinale | 25,1 | 17 |
| Apoel FC | Zypern | 1. Runde | 26,6 | 5 |
| Austria Wien | Österreich | 1. Runde | 27,9 | 7 |
| Auxerre | Frankreich | Achtelfinale | 24,6 | 10 |
| Benfica | Portugal | Achtelfinale | 24,6 | 11 |
| Besiktas | Türkei | 3. Runde | 29,1 | 6 |
| Blackburn | England | 1. Runde | 26,8 | 3 |
| Bordeaux | Frankreich | Viertelfinale | 24,4 | 18 |
| Breda | Niederlande | 1. Runde | 29,4 | 0 |
| Bröndby IF | Dänemark | 3. Runde | 28,5 | 10 |
| C. Glasgow | Schottland | Viertelfinale | 25,2 | 15 |
| Celje | Slowenien | 1. Runde | - | 0 |
| Cementarnica | Unbekannt | 1. Runde | 28,0 | 0 |
| Club Brügge | Belgien | Achtelfinale | 28,7 | 18 |
| D. Zagreb | Kroatien | 2. Runde | 22,9 | 20 |
| Debrecen | Ungarn | 3. Runde | 22,8 | 3 |
| Dinamo | Rumänien | 2. Runde | 27,2 | 11 |
| Dnjepr | Ukraine | 3. Runde | 20,0 | 7 |
| Dortmund | Deutschland | 2. Runde | 26,6 | 9 |
| Dyskobolia SSA | Polen | 3. Runde | 27,0 | 0 |
| Eindhoven | Niederlande | Viertelfinale | 24,7 | 14 |
| Esbjerg | Dänemark | 1. Runde | 22,9 | 2 |
| FC Barcelona | Spanien | Achtelfinale | 25,9 | 21 |
| FC Basel | Schweiz | 2. Runde | 25,6 | 13 |
| FC Dundee | Schottland | 1. Runde | 34,7 | 4 |
| FC Kärnten | Österreich | 1. Runde | 27,2 | 2 |
| FK Puchov | Slowakei | 1. Runde | - | 2 |
| FK Teplice | Tschechien | 3. Runde | 30,6 | 1 |
| Ferencvárosi | Ungarn | 1. Runde | 27,0 | 16 |
| Feyenoord | Niederlande | 2. Runde | 25,8 | 16 |
| Galatasaray | Türkei | 3. Runde | 28,7 | 7 |
| Gaziantepspor | Türkei | 3. Runde | 30,6 | 2 |
| Genclerbirligi | Türkei | Achtelfinale | 24,8 | 1 |
| Gr. Zürich | Schweiz | 1. Runde | 20,5 | 18 |
| Grazer AK | Österreich | 1. Runde | 23,5 | 9 |
| H. Tel Aviv | Israel | 1. Runde | 29,0 | 5 |
| Hajduk Split | Kroatien | 2. Runde | 25,9 | 13 |
| Hamburg | Deutschland | 1. Runde | 24,6 | 13 |
| Hertha BSC | Deutschland | 1. Runde | 25,6 | 10 |
| Ingrad | Kroatien | 1. Runde | 20,5 | 0 |
| Inter Mailand | Italien | Viertelfinale | 26,1 | 28 |
| K'lautern | Deutschland | 1. Runde | 26,6 | 12 |
| KSC Lokeren | Belgien | 1. Runde | 22,2 | 5 |
| Kopenhagen | Dänemark | 2. Runde | 32,9 | 5 |
| La Louvière | Belgien | 1. Runde | - | 0 |
| Leiria | Portugal | 1. Runde | 23,0 | 0 |
| Lens | Frankreich | 2. Runde | 24,9 | 7 |
| Levski Sofia | Bulgarien | 3. Runde | 29,9 | 12 |
| Liverpool | England | Achtelfinale | 25,1 | 12 |
| Lyn Oslo | Norwegen | 1. Runde | 28,2 | 3 |
| M. Donezk | Ukraine | 1. Runde | - | 1 |
| M. Haifa | Israel | 2. Runde | 26,3 | 3 |
| MTK Budapest | Ungarn | 1. Runde | 20,5 | 8 |
| Malatyaspor | Türkei | 1. Runde | 23,5 | 0 |
| Mallorca | Spanien | Achtelfinale | 25,5 | 2 |
| Malmö FF | Schweden | 1. Runde | 22,3 | 12 |
| Man. City | England | 2. Runde | 24,3 | 4 |
| Midlothian | Schottland | 2. Runde | 21,1 | 10 |
| Molde | Norwegen | 2. Runde | 25,3 | 4 |
| MyPa | Finnland | 1. Runde | 36,0 | 2 |
| NK Radnik | Kroatien | 1. Runde | - | 0 |
| Neuchâtel | Schweiz | 1. Runde | 24,2 | 9 |
| Newcastle | England | Halbfinale | 24,6 | 7 |
| Nijmegen | Niederlande | 1. Runde | 25,0 | 0 |
| Nordsjælland | Dänemark | 1. Runde | 23,4 | 0 |
| O. Ljubljana | Slowenien | 1. Runde | 25,0 | 7 |
| Odense | Dänemark | 1. Runde | 21,0 | 4 |
| Ol. Marseille | Frankreich | Finale | 24,2 | 7 |
| PAOK Saloniki | Griechenland | 2. Runde | 22,4 | 15 |
| Panathinaikos | Griechenland | 3. Runde | 29,4 | 12 |
| Panionios | Griechenland | 2. Runde | 26,4 | 3 |
| Parma | Italien | 3. Runde | 24,2 | 8 |
| Perugia | Italien | 3. Runde | 26,1 | 1 |
| Petrzalka | Slowakei | 1. Runde | 24,8 | 0 |
| R. S. Belgrad | Serbien | 2. Runde | 21,8 | 17 |
| Ramat Gan | Israel | 1. Runde | - | 0 |
| Rosenborg BK | Norwegen | 3. Runde | 27,7 | 7 |
| SKM Puchov | Unbekannt | 1. Runde | - | 2 |
| Salzburg | Österreich | 2. Runde | 27,2 | 5 |
| Schalke | Deutschland | 2. Runde | 26,9 | 6 |
| Shakhtar | Ukraine | 1. Runde | 23,2 | 7 |
| Slavia Prag | Tschechien | 2. Runde | 21,4 | 15 |
| Smederevo | Serbien | 1. Runde | - | 1 |
| Sochaux | Frankreich | 3. Runde | 25,4 | 5 |
| Southampton | England | 1. Runde | 24,3 | 5 |
| Spartak Moskau | Russland | 3. Runde | 21,8 | 15 |
| Sporting | Portugal | 2. Runde | 23,4 | 24 |
| Steaua | Rumänien | 2. Runde | 24,7 | 7 |
| Thessaloniki | Griechenland | 2. Runde | 19,8 | 0 |
| Torp. Moskau | Russland | 2. Runde | 22,4 | 9 |
| Trabzonspor | Türkei | 1. Runde | 24,6 | 7 |
| Udinese | Italien | 1. Runde | 26,4 | 4 |
| Utrecht | Niederlande | 2. Runde | 28,9 | 14 |
| V. Skopje | Mazedonien | 1. Runde | 28,8 | 2 |
| Valencia | Spanien | Finale | 25,7 | 20 |
| Valerenga IF | Norwegen | 3. Runde | 32,0 | 4 |
| Varazdin | Kroatien | 1. Runde | 24,0 | 2 |
| Ventspils | Lettland | 1. Runde | 25,0 | 1 |
| Villarreal | Spanien | Halbfinale | 25,7 | 0 |
| W. Krakau | Polen | 2. Runde | 25,3 | 7 |
| Z. Sarajevo | Bosnien-Herzegowina | 1. Runde | 20,3 | 4 |
| ZSKA Sofia | Bulgarien | 1. Runde | 25,8 | 12 |
| Zilina | Slowakei | 1. Runde | 21,3 | 0 |
| Zimbru | Moldawien | 1. Runde | 17,0 | 4 |
| Žižkov | Tschechien | 1. Runde | 23,0 | 2 |
Insgesamt nahmen 107 Mannschaften teil. The number of participations refers to tournament participations before the tournament. NEC Nijmegen, NAC Breda, Uniao Leiria, FC Villarreal, Malatyaspor, AA La Louvière, FC Nordsjælland, Hapoel Ramat Gan, NK Kamen Ingrad, Dyskobolia Grodzisk Wielkopolski, MSK Zilina, FCA Petrzalka, NK CMC Publikum Celje, FK Cementarnica Skopje, NK Radnik Velica Gorica und Aris Thessaloniki FC participated in der Europa League for the first time.